3D Secure 2.0 (3DS 2.0) е създаден, за да подобри сигурността и да намали измамите при онлайн транзакции. Въпреки това, има някои недостатъци, които трябва да се вземат предвид.
Не всички картови схеми в момента участват в програмата 3DS 2.0. Това означава, че някои клиенти може да срещнат затруднения при завършване на своите онлайн покупки, ако издателят на тяхната карта не поддържа този подобрен метод за автентикация.
Въпреки че 3DS 2.0 има за цел да осигури по-гладък процес на автентикация, клиентите все пак могат да изпитат прекъсвания по време на плащането, ако им се наложи да предоставят допълнителна информация или да използват биометрични методи за автентикация.